09.05.1990 tarih ve 3644 Sayılı Yasa ile İlçe statüsüne kavuşan Kestel, 1991 tarihinde İlk Kaymakamlık hizmet binası bugünkü belediye binasının bulunduğu Ahmet Vefik Paşa Mahallesinde hizmete başlamıştır 1993 -1999 yılları arasında bugünkü Adliye Hizmet binasına 6 yıl hizmet verdikten sonra 2007 yılında temeli atılan Kaymakamlık binası 2008 yılı Nisan ayında faaliyete geçmiştir.
        Kaymakamlık binası içinde İlçe Yazı İşleri Müdürlüğü, Nüfus Müdürlüğü, Gıda Tarım ve Hayvancılık Müdürlüğü, Mal Müdürlüğü, ve Tüketici Hakem Heyeti Birimlerinden oluşmaktadır. Kestel Kaymakamlığı Hükümet Konağı Vani Mehmet Mahallesi Pazaryeri Sokak No: 9 da 4 katlı binada hizmet vermektedir. Bina İlçe Özel İdare Müdürlüğüne ait iken 6360 sayılı Kanunla birlikte Kestel Belediyesine devredilmiş ve herhangi bir kira bedeli olmaksızın Kestel Kaymakamlığı tarafından kullanılmaktadır.
    Kestel Kaymakamlığı Hükümet Konağının 1. Katında İlçe Nüfus Müdürlüğü ve Kestel Sosyal Yardımlaşma ve Dayanışma Vakfı, 2. Katında Kaymakamlık Makamı ve İlçe Yazı İşleri Müdürlüğü, 3. Katında Kestel MalMüdürlüğü ve Kestel Milli Emlak Şefliği ile 4. Katında Kestel İlçe Tarım ve Orman Müdürlüğü bulunmaktadır.